BBMS składa się z następujących modułów:

Rejestracja – wprowadzanie podstawowych danych dotyczących probanta (człowieka, zwierzęcia, rośliny, grzyba, bakterii i wirusa). W oknie rejestracji można włączyć ankietę i wprowadzać wizyty. Pobranie – szczegóły dotyczące pobrania materiału biologicznego i jego oznakowania.
Zlecenia – ewidencja zleceń biobanku i laboratorium.
Przygotowanie – wsparcie podczas rozpipetowania materiału biologicznego.
Wysortuj – przygotowanie listy roboczej dla sortera na podstawie wykazu kodów 2D.
Projekty – wykaz projektów w formie drzewa z załączonymi do nich zleceniami.
Podbazy – edycja i przeglądanie własnych tabel.
Biobanki – ewidencja materiału biologicznego.
Laboratoria – zlecenia badań laboratoryjnych.
Odczynniki – ewidencja wydań i przyjęć odczynników.
Magazyn – gospodarka magazynowa.
Monitoring – baza wyników pomiarów warunków środowiskowych.
Rodowody – drzewa genealogiczne probantów i edycja ich cech genetycznych.
Organizer – harmonogram zadań. Katalog – wykaz wszystkiego co jest dostarczane do biobanku i laboratorium. Słowniki – baza kodów, np.: ICD-10, AJCC. Zasoby – sprzęt i aparatura występująca na wyposażeniu, w tym między innymi ewidencja awarii. Schematy – definicje rodzajów i etapów badań.
Procesy – programowanie obsługi robotów i aparatów.
Kurier – centrum obsługi zdarzeń.
Alerty – harmonogram poleceń i komunikatów.
Struktura podbaz – definiowanie własnej bazy danych (w tym ankiet).
Uprawnienia – zarządzanie uprawnieniami użytkowników systemu.
Kursy i szkolenia – ewidencja uprawnień do wykonywania zadań.
Szczepienia – ochrona pracowników.
Raporty - definiowane wykazy i zestawienia z bazy systemowej i podbaz.
Formularze - definiowane wydruki ankiet i formularzy.
Sekwencje - zadania wyszukiwania sekwencji DNA.
Tabele - pełna dokumnetacja struktury bazy danych