Współpraca z biobankiem polega na wymianie danych lub też uzyskaniu z biobanku jego oferty.

W ramach projektu BBMS publikuje się "standard de facto" struktury bazy danych, który:

- można zastosować w dowolnej aplikacji,
- nie można sprzedawać.

Przyjęto kilka zasad budowy "standardu de facto" struktury bazy danych:

1. struktura musi być możliwa do zaimplementowania na dowolnym motorze bazy danych

2. koordynatorem budowy i zmian struktury jest autor oprogramowania BBMS przy współpracy z biobankami

3. baza danych składa się z części systemowej i podbaz

4. wszelkie zmiany w części systemowej lub podbazach publicznych są omawiane na forum biobanków

5. zmiany struktury podbazy prywatnej są dowolne i bez ograniczeń

6. kolejne wersje opisu struktury bazy są oznaczane datą zmiany

7. w dokumentacji, każde pole i tabela posiada opis, parametry, datę i czas dodania oraz datę i czas zmiany

8. dokumentacja jest publikowana na tej stronie w pliku w formacie pdf

9. struktura jest publikowana dodatkowo w formie elektronicznej w oprogramowaniu BBMS